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SARS-CoV-2基因組分析進化和起源的研究

2021-04-10 00:00:00
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關鍵詞: SARS-CoV-2
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所屬領域:
生物、醫藥及醫療機械
項目成果/簡介:

2020年3月8日,安徽師范大學在bioRxiv上上傳了一篇題為Genome-widedata inferring the evolution and population demography of the novel pneumonia coronavirus (SARS-CoV-2) 的研究分析,作者使用10個新測序的SARS-CoV-2基因組,并結合GISAID數據庫中的136個基因組,通過不同的分析方法(如EBSP、錯配和中性檢測等)研究前三個月數據的遺傳變異和統計。

 

結果顯示80個單倍型共有183個突變位點,包括27個簡約性信息位點和156個單一位點。對遺傳多樣性的滑動窗口分析表明,SARS-CoV-2基因組豐度的變化有一定范圍,這可以解釋目前這種病毒的廣泛和高適應性。遺傳學分析不支持穿山甲是中間宿主。在最初的單倍型(H14)中,一個患者樣本居住在華南海鮮市場附近(約2公里),這表明患者有無意識接觸該市場史的可能性很高。然而,基于這個線索,也無法準確斷定這個市場是否是SARS-CoV-2的起源中心。此外,從這個市場收集的16個基因組,包含10個單倍型,表明市場在短期內出現循環感染,這可能導致武漢和其他地區爆發SARS-CoV-2。EBSP結果顯示,第一個

估計的擴展日期從2019年12月7日開始,這表明SARS-CoV-2的傳染可能在11月中下旬開始。

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