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利用A-to-I RNA編輯作為miRNA反義鏈表達(dá)的有利證據(jù)。通過靶向RNA測(cè)序技術(shù)，宋玉龍和李麗詩等利用A-to-I RNA編輯推導(dǎo)鏈表達(dá)的方向，揭示了miRNA基因座反義RNA的廣泛表達(dá)和編輯現(xiàn)象。宋玉龍和李麗詩等發(fā)現(xiàn)miRNA和其反義RNA形成了一個(gè)相互調(diào)控的網(wǎng)絡(luò)：miRNA可以下調(diào)其反義RNA的表達(dá)水平；反義RNA在轉(zhuǎn)錄水平和轉(zhuǎn)錄后水平調(diào)控miRNA的表達(dá)和加工。此外，A-to-I RNA編輯可以穩(wěn)定反義RNA的結(jié)構(gòu)，避免其被配對(duì)的miRNA所降解。這一研究揭示了前人所未知的miRNA反義鏈編輯現(xiàn)象的廣泛性，為RNA編輯的研究開辟了新的研究方向。

研究開發(fā)了 “ 熒光團(tuán)輔助的 RNA 鄰近標(biāo)記和測(cè)序技術(shù) ” ，簡(jiǎn)稱 “CAP-seq” 。   該方法通過可見光激發(fā)遺傳靶向的光敏蛋白 miniSOG 產(chǎn)生活性氧， 介 導(dǎo)鄰近 RNA 分子上的鳥嘌呤與具有生物正交功能把手的氨基探針進(jìn)行共價(jià)交聯(lián)，既而通過富集純化與高通量測(cè)序檢測(cè)，實(shí)現(xiàn) miniSOG 定位的亞細(xì)胞區(qū)域內(nèi) 轉(zhuǎn)錄 組的空間特異性標(biāo)記與鑒定。 利用 CAP-seq ，他們系統(tǒng)研究了幾個(gè)亞細(xì)胞區(qū)域的轉(zhuǎn)錄組，包括線粒體基質(zhì)轉(zhuǎn)錄組 、 內(nèi)質(zhì)網(wǎng)表面 轉(zhuǎn)錄組 以及 線粒體外膜附近轉(zhuǎn)錄組。這些研究結(jié)果表明 CAP-seq 對(duì) 活細(xì)胞中開放區(qū)域的 RNA 標(biāo)記具有良好的空間特異性和覆蓋度 。 他們?cè)诰€粒體外膜附近檢測(cè)到 30 個(gè)編碼氧化磷酸化途徑相關(guān)蛋白的 RNA 和多達(dá) 55 個(gè)編碼核糖體蛋白的 mRNA ，這一結(jié)果不僅支持了線粒體蛋白在線粒體外膜被翻譯后直接轉(zhuǎn)運(yùn)進(jìn)線粒體的模型，還暗示著線粒體功能可能與蛋白質(zhì)的翻譯調(diào)節(jié)有關(guān)。 CAP-seq 具有操作簡(jiǎn)單、空間選擇性高、生物相容性好的特點(diǎn)，將成為一項(xiàng)適合于在多種生物系統(tǒng)中研究亞細(xì)胞 轉(zhuǎn)錄組 的新技術(shù)。

已有樣品/n本發(fā)明涉及蛋白-蛋白及RNA-蛋白質(zhì)相互作用成像領(lǐng)域，基于激發(fā)波長(zhǎng)在600nm以上的紅色熒光蛋白mNeptune熒光片段互補(bǔ)技術(shù)，建立了位于活體成像“光學(xué)窗口”的雙分子和三分子熒光互補(bǔ)系統(tǒng)。其中雙分子熒光互補(bǔ)系統(tǒng)可以用于活細(xì)胞及活體內(nèi)蛋白-蛋白相互作用成像，三分子熒光互補(bǔ)系統(tǒng)可以用于活細(xì)胞及活體內(nèi)RNA-蛋白質(zhì)之間的相互作用成像。該成果為首次建立活體內(nèi)RNA-蛋白質(zhì)相互作用熒光成像技術(shù)，該技術(shù)也將有助于開發(fā)活細(xì)胞及活體內(nèi)藥物評(píng)價(jià)體系和藥物篩選平臺(tái)。

一般miRNA長(zhǎng)度為22個(gè)堿基，當(dāng)其中一半的序列(即11個(gè)堿基)與其對(duì)應(yīng)的核酸探針雜交時(shí)， miRNA與探針之間只能產(chǎn)生比較弱的結(jié)合，若當(dāng)中出現(xiàn)錯(cuò)配和部分互補(bǔ)的情況，目標(biāo)miRNA與探針之間的結(jié)合作用減弱，需要一種技術(shù)反復(fù)沖洗去除核酸探針與目標(biāo)miRNA之間出現(xiàn)錯(cuò)配和部分互補(bǔ)的結(jié)合，提高檢測(cè)體系的特異性。

本發(fā)明涉及一種miRNA 2861反義核苷酸藥物組合物及其用途。miRNA  2861的反義核苷酸序列為5’  CCGCCCGCCGCCAGGCCCC 3’；藥物組合物包括感染滴度為10¹⁶  PFU過表達(dá)miRNA 2861反義核苷酸載體、病毒或輔料，所述載體為膽固醇、納米顆?；蛑|(zhì)體；病毒載體為腺病毒載體、慢病毒載體、逆轉(zhuǎn)錄病毒載體中的一種或多種；所述輔料為甘露醇、磷酸鹽緩沖液、生理鹽水中的一種或多種。通過口服或注射用于預(yù)防和治療心肌肥厚、心肌纖維化、冠心病和心衰。本發(fā)明藥物組合物配方合理，藥理可靠，制作工藝簡(jiǎn)單，治療效果明顯，應(yīng)用范圍廣，使用環(huán)境友好。

肝癌（Hepatocellular carcinoma, HCC）是全球第五大常見的消化道惡性腫瘤，也是全球第三大致死性癌癥。我國(guó)肝癌病發(fā)率位居全球首位，肝癌已成為嚴(yán)重威脅我國(guó)人民健康和生命的疾病。由于肝癌的早期診斷缺乏可靠的生物標(biāo)志物，肝癌患者通常在肝癌晚期才被診斷，其5年生存率僅為15%。目前肝癌診斷主要依賴于影像學(xué)檢查或者血液活檢中的甲胎蛋白（AFP）標(biāo)志物等手段。但這些傳統(tǒng)方法對(duì)于癌變?cè)缙诖嬖诿舾行缘?、特異性低等局限性，例如，血液活檢中的甲胎蛋白特異性差，且往往到癌癥晚期才能檢測(cè)到其含量升高，可能延誤最佳的治療時(shí)機(jī)。因此亟需找到一種可用于肝癌診斷及預(yù)后的可靠的新型液體活檢標(biāo)志物。 液體活檢為一門新型的檢測(cè)技術(shù)，越來越受到關(guān)注。目前可以作為無創(chuàng)檢測(cè)的生物標(biāo)志物大多數(shù)是蛋白質(zhì)分子和DNA分子，但這些標(biāo)志物在靈敏度、誤診率和經(jīng)濟(jì)成本高等方面的缺陷導(dǎo)致它們很難被普及。RNA分子在細(xì)胞中擁有多個(gè)拷貝并且存在多種轉(zhuǎn)錄調(diào)控形態(tài)，可以更加準(zhǔn)確地反映細(xì)胞狀態(tài)和癌癥動(dòng)態(tài)發(fā)展過程，而且其檢測(cè)成本也很低。 過去體液中的RNA標(biāo)志物研究主要集中在miRNA等小RNA的研究，相對(duì)于細(xì)胞中大量的長(zhǎng)RNA，miRNA的數(shù)量要少一個(gè)到兩個(gè)數(shù)量級(jí)，因此提供的信息也有限。本項(xiàng)目另辟蹊徑，通過對(duì)大量肝癌患者（HCC）、慢性乙型肝炎患者(CHB)和健康個(gè)體(HD)進(jìn)行血漿中非編碼RNA表達(dá)譜的高通量測(cè)序檢測(cè)和分析，發(fā)現(xiàn)了一種非編碼RNA，srpRNA (RN7SL1)，的功能結(jié)構(gòu)域可以穩(wěn)定存在于血液中，并在區(qū)分肝癌患者和陰性對(duì)照組時(shí)具有良好的敏感度和特異性（約90%）。并且，通過在獨(dú)立驗(yàn)證集上的實(shí)時(shí)熒光定量檢驗(yàn)（RT-qPCR），該srpRNA (RN7SL1)的功能結(jié)構(gòu)域被證明在 肝癌的診斷及預(yù)后方面都具有可靠的臨床表現(xiàn)。

項(xiàng)目成果/簡(jiǎn)介:肝癌（Hepatocellular carcinoma, HCC）是全球第五大常見的消化道惡性腫瘤，也是全球第三大致死性癌癥。我國(guó)肝癌病發(fā)率位居全球首位，肝癌已成為嚴(yán)重威脅我國(guó)人民健康和生命的疾病。由于肝癌的早期診斷缺乏可靠的生物標(biāo)志物，肝癌患者通常在肝癌晚期才被診斷，其5年生存率僅為15%。目前肝癌診斷主要依賴于影像學(xué)檢查或者血液活檢中的甲胎蛋白（AFP）標(biāo)志物等手段。但這些傳統(tǒng)方法對(duì)

本項(xiàng)目開發(fā)的流量預(yù)測(cè)系統(tǒng)，主要功能是預(yù)測(cè)未來某一天的資金流量，設(shè)計(jì)了一套深度學(xué)習(xí)系統(tǒng)用來精確預(yù)測(cè)未來某天的資金流量

內(nèi)含子是基因中不具有編碼作用的片段，它會(huì)被轉(zhuǎn)錄到前體RNA中，但在mRNA加工過程中被剪切掉，而內(nèi)含子剪切是真核生物mRNA成熟的關(guān)鍵步驟。在酵母中，當(dāng)RNA聚合酶II(Pol-II)轉(zhuǎn)錄到內(nèi)含子下游45nt時(shí)已經(jīng)有一半的內(nèi)含子完成了剪切。但高等真核生物，尤其植物中RNA共轉(zhuǎn)錄剪切速率，剪切狀態(tài)和其他RNA加工過程之間的關(guān)系又是什么樣的呢？為解答這一疑惑，翟繼先課題組開展了系列研究分析。

開發(fā)了一個(gè)高效的捕獲RNA結(jié)合蛋白雙鏈RNA底物的建庫測(cè)序技術(shù)（irCLASH）以及后續(xù)的一整套生物信息學(xué)分析方法；首次在轉(zhuǎn)錄組水平上系統(tǒng)地繪制了人類ADAR蛋白的內(nèi)源雙鏈RNA底物圖譜；揭示了決定ADAR結(jié)合效率和編輯效率的底物特征和ADAR結(jié)合長(zhǎng)雙鏈RNA的體內(nèi)模型。       該研究利用irCLASH技術(shù)系統(tǒng)構(gòu)建和分析了人類ADAR1、ADAR2及ADAR3的雙鏈RNA底物圖譜，發(fā)現(xiàn)與之前根據(jù)計(jì)算推導(dǎo)的研究設(shè)想不同，ADAR具有大量的、長(zhǎng)距離的雙鏈RNA底物。該研究發(fā)現(xiàn)不完全互補(bǔ)配對(duì)的底物與ADAR蛋白也有很好的親和度，特別是ADAR2家族成員。研究還進(jìn)一步揭示了決定ADAR結(jié)合效率和編輯效率的底物特征。irCLASH測(cè)序技術(shù)及后續(xù)的整套生物信息學(xué)分析方法的開發(fā)為研究雙鏈RNA結(jié)合蛋白的內(nèi)源底物提供了新的工具。同時(shí)，該研究揭示的ADAR與底物相互作用及催化特性為研究人員開發(fā)高效的RNA編輯工具提供了資源寶庫及改進(jìn)方向。